Tipo de
microscopia de varredura por sonda, na qual uma agulha muito fina condutora é removida apenas poucos ângstrons acima da superfíce da amostra. A minúscula corrente de tunelamento que flui entre a amostra e a ponta da agulha é medida e a partir destes dados são produzidas topografias tridimensionais. Devido à pobre condutividade
eletrônica da maioria das amostras biológicas, finas camadas de metal são depositadas na amostra.